وأبو الفتوح هو أحد القضاة المكلفين بالقصاص لأرواح ضحايا جرائم جماعة الإخوان قبل وبعد الإطاحة بحكم الرئيس المعزول محمد مرسي، وأحد أعضاء هيئة المحكمة التي أصدرت أحكاماً رادعة وحاسمة ضد قيادات جماعة الإخوان، المصنفة باعتبارها منظمة إرهابية.
وقد تم انتداب المستشار أحمد أبو الفتوح، لرئاسة الدائرة الخامسة جنايات لنظر قضية "خلية أوسيم" خلفا للمستشار ناجي شحاتة، الذي كان قد صدر حكم برده عن نظر تلك القضية، وهو طلب الرد الذي تقدم به محامي جماعة الإخوان.
وعمل أبو الفتوح في رئاسة هذه الدائرة، بالاضافة لعمله الحالي كرئيس لإحدى دوائر محكمة استئناف القاهرة، والتي يحاكم أمامها أيضا قيادات الجماعة الإرهابية.
