وتهدف الاتفاقية إلى تيسير حركة التجارة بين مصر والسعودية وتحقيق التعاون المشترك في مجال الرقابة والتفتيش الجمركي من خلال تشديد الرقابة على البضائع والسلع للتأكد من صحة البيانات والمستندات الخاصة بها لمحاربة حركة الاستيراد والتصدير غير الشرعية بين البلدين وتسهيل نقل البضائع والسلع بنظام الترانزيت طوال الفترة التي تكون فيها داخل إقليم إحدى الدولتين بما يتفق مع القواعد الدولية المعمول بها في هذا المجال.
كما يتحقق التعاون من خلال تبادل المساعدات الإدارية، ورفع مستوى التدريب الجمركي بما يساعد على رفع المهارات الجمركية وتطوير العمل في مجال تبادل المعلومات والخبرات الفنية والإدارية بما يساعد في تسهيل الإجراءات الجمركية وكشف المخالفات الجمركية، وسرعة معالجة الصعوبات التي تعترض إجراءات تطبيق هذه الاتفاقية عن طريق اللجنة الجمركية المُشكلة من السلطات الجمركية في الدولتين.
