يذكر أنه في أعقاب هذه العملية اعتقلت السلطات الإسرائيلية عددا من الفلسطينيين بينهم الأسير سامر العربيد، الذي وُصف كقائد خلية.
وجاء في بيان لجهاز "الشاباك"، أنه "بمساعدة جيش الدفاع والشرطة الإسرائيلية تم الكشف عن تنظيم عسكري واسع ومنظم مؤلف من نشطاء في الجبهة الشعبية لتحرير فلسطين، وأن هذا التنظيم نفذ عملية تفيجيرية في عين بوبين، الذي أسفر عن مقتل مستوطنة وإصابة والدها وشقيقها".
وأضاف البيان: "بعد التحقيقات تبين أن هذا التنظيم نفذ عمليات إطلاق نار وخطط لتنفيذ عمليات كبيرة أخرى في الفترة القريبة، وتم اعتقال والتحقيق مع قرابة 50 ناشطا، بينهم قياديين في الجبهة الشعبية، وتم ضبط أسلحة كثيرة بحوزة الناشطين".
وقال جهاز المخابرات "الشاباك" في بيانه أن "ناشطين جرى التحقيق معهم أدلوا بتفاصيل حول الاستعدادات لتنفيذ عملية (عين بوبين) وكيفية تنفيذها، وأن جمع المعلومات حول موقع العملية تم قبل عدة أسابيع من تنفيذها، وأن عدد من الناشطين تجولوا في المنطقة، وقدموا خطة العملية للعربيد، الذي صادق عليها".
وتابع الشاباك أنه "في الليلة التي سبقت تنفيذ عملية عين بوبين، وصل أعضاء الخلية، العربيد ويزن مجامس وقاسم شبلي، إلى منطقة جبلية قريبة من عين بوبين، وكانوا مسلحين بمسدسات وعبوة ناسفة، وأن العربيد ترك يزن وقاسم في المكان وبحوزتهما العبوة الناسفة، وعاد باتجاه رام الله من أجل إبقاء السيارة في مكان بعيد. وبعد ساعة، أعاد وليد حناتشة (ممول العملية) العربيد إلى المكان الذي انتظر فيه أعضاء الخلية ثم غادر المكان".
وبحسب تحقيقات جهاز "الشاباك" فقد "سار العربيد ورفيقاه لمدى ساعتين باتجاه (عين بوبين)، وهناك زرعوا العبوة الناسفة بالقرب من مسلك وصعدوا إلى موقع يطل على المكان. وبعد عدة ساعات، كان خلالها قاسم البرغوثي مسؤولا عن المراقبة، شاهد أعضاء الخلية عائلة المستوطنين تقترب من المكان، وأصدر قاسم تعليمات للعربيد الذي ضغط على الزناد وشغّل العبوة، ثم غادر أفراد الخلية مترجلين باتجاه رام الله عبر طريق جبلية حتى وصولهم إلى المدينة وهناك افترقوا".
وشن الجيش الإسرائيلي عقب العملية، التي أسفرت عن مقتل مستوطنة وإصابة والدها وشقيقها في آب/ أغسطس الماضي، عمليات تفتيش واسعة في أنحاء الضفة الغربية كافة، تركزت في محيط مدينة رام الله، وقامت بإغلاق عدد من الطرق الواصلة بين القرى الفلسطينية غربي المدينة، بذريعة البحث عن منفذي العملية.
